質問者さんのおっしゃる通り、MARCH の付属高校は国公立大学受験の場合内部進学の権利を持ったまま受験できる学校もあります。とてもお得で、中学入試の際に検討した経験があります。
ただ、一部の例外（その大学で学べない分野）を除いて、早慶を志望した場合は、内部推薦の権利をいただけないことも多いのではないでしょうか。
例えば、旧帝大以上くらいの国立大学を考えている国立でも併願の私学としては早慶上智理くらいを考えているケースも多いと思うので、その可能性を高校段階で狭めることをよしとしないという考えもあるのだと思います。
