多分ピストンの抱き着きかなー。
修理するなら腰上一式OHコースですが、抱き付きを起こした原因究明の方が先かな。
オイルポンプの動作不良やエア噛み等起こしてないかは修理するのであれば確認した方が良いです。
純正部品は入手が大変なので社外のミナレリAM4~6対応のシリンダーキット買うのが安くて早いかと。
Amazonで AM6 シリンダーで検索すると出てきます。
ただしボアアップ状態になっちゃいますが…。
ノーマルボア径のシリンダーキットもあるんですが、海外から直接購入する必要があります。
https://www.wemoto.com/bike/aprilia/rs-1/50/2005/3763
あと買うなら小端ベアリングも一緒に買った方が良いです。
https://www.wemoto.com/bike/aprilia/rs-1/50/2005/3763/small-end-bearings