アニメイトの店舗受け取りでうっかりペイペイ支払いを選択して注文してしまったのですが、どういう形になるんですかね？店舗に受け取りに行った時にペイペイで支払うんですかね？

店頭では商品を受け取るだけです。

サイト側で支払手続きを完了させないと、商品は発送されません。

商品が確保されたら「お支払い方法のご連絡」と言うメールが来るので、3日以内に手続きを行って下さい。

https://paypay.ne.jp/guide/net-service/