敦賀から東京まで北陸新幹線で移動します。JR東日本の株主優待券を使う場合、敦賀～上越妙高、上越妙高～東京でそれぞれの区間の乗車券と特急券を分けて購入する必要があるのでしょうか。

分けないと株主優待は利用できませんし、紙の切符ならJR東日本のみどりの窓口で購入しないといけません。敦賀のみどりの窓口では購入はできません。

えきねっとにて新幹線eチケットとして交通系ICカードを紐付けして、東京駅の有人改札にて購入した履歴を見せるのが最善策かと思われます。