JRの特急列車に乗りたいのですが、普通列車の定期券を運賃代として使えますか？つまり追加で自由席代を出すだけで乗れますか？

少なくとも普通車自由席への乗車は可能です。

規則上は「特例」ですが、現在定期運行列車において、定期券を乗車券として利用できない特急列車は存在しないからです。



なお全車指定席列車の場合は、列車により扱いが異なります。

JR東日本の場合は、普通車、グリーン車ともに利用可能です。