boss のチューナーTU3なんですが箱が黒の物を見ました。何か違うんですかね？

近年もののボスコンは黒い化粧箱のものが多いですね。

保証が5年間に変わったあたりから箱も変わったような気がします。

内部の部品は変わっているかもしれませんが、機能としては従来のTU-3と同じだと思いますよ。