詳しくないのですが、主に大手企業とかが運営してる販売サイトって自分で作ってるんですか？それともECサービスとかを利用してるんですか？

ほぼ100パーセント、自社構築（インハウスであろうが子会社であろうが外注・下請けだろうが）だと思います。

決済APIを使い、サイトを構築しています。

商品のオプション構成や送料計算などに、自社特有の条件を反映させるとか、ショップデザインを完全にコントロールするためです

楽天への出店は、「楽天支店」みたいな名前にしておいて、本店への誘導をはかったりしています。