「キノコ」は木に付随するようにして生えていますので、「木の子(=木の子供)」と呼ばれていました。
なお、「きのこ」は和語であり、「茸(きのこ)」は、同じ意味の漢語に和語を当てたものです。漢字の「茸」には「たけ」という訓読み(和語)もありますが、これはキノコの方言名です。(キノコの古名か?)
>『茸』『きの子』『木の子』使い方の違いはありますか?
使い分けはありません。ただ、「きのこ」「キノコ」「茸」という表記は良く見ますが、「きの子」「木の子」という表記は、現代ではあまり見ません。(「木の子」という表記は中世まではよく使われていたようですが…)