お世話になった恩師に年賀状を書くのですが、本文は縦書きと横書きどちらがいいんでしょうか？

どちらでも構いませんよ。
私は遠方の恩師と年賀状や暑中見舞ほか、自筆のやりとりをしてますが、今回は横書きにしました。