結論:この there は「駅」を指しています
(=at the station の代わり)
英語では、同じ場所を繰り返すのを避けるために
there を使うことがよくあります。
だから、
Tom was at the station when I arrived there.
の there は station を指すと考えるのが自然です。
あなたの②の訳は正しいです
②
「私が駅に着いた時、トムは駅にいた」
これは意味として完全に正しいです。
むしろ①より自然です。
では、なぜ there を使うのか?
英語では、同じ語を繰り返すと“くどい”と感じるので、
Tom was at the station when I arrived at the station.
とは普通書きません。
そこで、
2回目の at the station を there に置き換える
というだけのことです。
あなたの疑問:「言葉が入れ替わってない?」について
あなたの観察は鋭いです。
Tom was at the station
I arrived there
確かに語順は違いますが、
英語では there は前に出てきた場所を指す代名詞と
して働くので問題ありません。
日本語にすると語順が変わるので違和感が出るだけです。
もし there が駅以外を指すなら?
その場合は文脈で明確に別の場所が示されているはずです。
例:
I went to the post office. Tom was at the station
when I arrived there.
→ この場合の there は「郵便局」になります。
しかし今回の文には station しか場所が出ていません。
だから there=station で確定です。