被告は原則として土地改良区（法人）で、理事長は「代表者」として表示します（例：被告 土地改良区 代表者理事長 〇〇）。
理由として、土地改良法29条は、定款や議事録などの書類を事務所に備え、組合員等から閲覧請求があれば正当な理由がない限り理事は拒めないと定めています。 
そのため争う相手方は、理事個人というより、その事務を行う団体である土地改良区になります。
なお「行政事件訴訟」にできるかは、閲覧拒否が行政事件訴訟法上の「処分」に当たるか（処分性）が問題になります。仮に処分と構成する場合、被告は原則「処分をした行政庁」ですが、国や自治体に所属しない行政庁ならその行政庁自体が被告になります。 
土地改良区が被告になり得る類型として整理されることもあります。 
