これって単純に巻き肩を治せばいいという問題ではないと思いますよ。
だって数年間肩が痛むことを隠しつつ送球するために大きく腕を振るのではなく、ショートアーム系に投げることを覚えた結果そのような状況になっているのではないでしょうか。
ボールを投げるためにはこうなるしかなかったという結果論的な事だと思うんですよ。
ただ、高3の今なら根本から変えることが出来るかもしれません。
➀とにかくしばらくボールを投げないことです。
②胸を広げる運動や、肩甲骨を大きく動かせるようになる運動や背筋を鍛えましょう。
3ヶ月くらい真面目にやってみたら投げられるようになっている可能性はあると思います。