TOEIC650点目標なら、シス単の1200~1700は過剰です。やり直す必要はありません。
理由は、TOEIC650点は「中級レベル」で、必要な語彙は限定的です。金フレで860点レベルまで8割反射できるなら、実は650点には十分以上です。むしろ、語彙よりリスニングやリーディング形式への慣れが、この段階では重要です。
ただし、現在の状況を見ると「昔覚えた単語の定着度が落ちている」という課題はあります。1200~1700で半分以上わからないというのは、高2の時点で完全には定着していなかった可能性があります。ここで無理にやり直すより「金フレで650点に必要な語彙は確保できている」と認識して、その先の対策に時間を使った方が効率的です。
やるなら、やり直すのではなく「復習」という形で、シス単の1000~1200程度を軽く見返す程度でいいです。時間をかけるなら、TOEIC特有の表現(ビジネス用語、定型表現など)や、リスニング問題で頻出する単語に時間を配分する方が、スコア向上に直結します。
650点なら、単語より「形式慣れ」と「時間管理」が合格を分ける要素です。そこに注力してください。