もし帳簿類がなにかの事故で全部消失してしまったらその年の税務の申告とかどうするんですか？

可能な範囲で合理的な方法（取引の相手先や金融機関へ取引内容を照会するなどして帳簿書類を復元する等）により申告書等を作成します。



https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/saigai/8017.htm

「災害により帳簿等を消失した場合」をご確認下さい。