コンテキストメニューとシェルメニューってどう違うんですか？HKEY_CLASSES_ROOT\\Folder\\ShellEx\\ContextMenuHandlers

コンテキストメニューはシェルメニューの一部なので操作的には同じ筈ですから、通常はその違いを知って使い分ける必要はないと思います。

どうしてもその違いを知りたい場合は操作してみるしかないと思います。