旅行代理店が航空会社からまとまった数の席を団体旅行用に設定された料金で一括で仕入れるということは珍しくはないです。その場合、旅行代理店に売った分は その先の実際の客に売れていなくても、航空会社から見ると既に売れた航空券となります。なので、公式サイトでは売り切れになっていてもTrip.comやHISには空席があるということは珍しくはありません。
そのような仕入れで、売れ残っても代理店から航空会社に対して売れ残り分を返すことができないようになっている場合は、返すことができないかわりに安い仕入れ価格となっているので、旅行代理店で買うほうが航空会社で買うよりも安いという現象がしばしば起こります。
航空会社にとっては、最終的にその席が売れようが売れまいが 旅行代理店が一括で買い取ってくれた時点でその座席数分の料金が確実に入ることが確定しますから安めの金額で代理店に卸しても利益が確保できます。旅行代理店にとっては返却できないリスクはあるけれどそのかわり安く仕入れることができるというメリットがあります。
もちろん、そうではないケースもあるので一概には言えません。