国鉄が車両メーカーに発注して、完成した段階では青15号で塗装されてます。
EF65 500番代だけでなくEF65 1000番代も含めて、東京機関区に配置されたあとに行う定期検査として要部検索と全般検査があります。担当している工場は埼玉県さいたま市大宮区にある大宮工場(今はJR東日本大宮総合車両センターになります)で行います。ここでは電気機関車の屋根を形式にかかわらず黒色塗装することになってます。したがってモニター屋根の部分はもちろん、パンタグラフの回りもすべて黒色塗装になります。
これ以外の工場ではそのようなことはありませんので、屋根回りの塗装は青色塗装となります。