アニメを見終わると、喪失感に苦しみ、涙がこぼれます。これって、現実に引き戻されることが原因なのでしょうか？

おそらくそうだと思います。

他にはもう物語が続くことはないという悲しみもあるのではないでしょうか。

物語を見終わった後の喪失感は誰もが経験することですよね。