大元の総勘定元帳がどのような形態だったかが分かりませんが（紙・データ）、これは交渉次第なのでしょうね。
事務所側としては「紙」で排出すると用紙代・印刷代・送料などの費用と時間が掛かるので、電子化したPDFとなったのでしょうね。
御社側でも会計ソフト等に入力したデータや、現物（納品書・請求書・個別帳簿等）があれば、大きな問題は無いように感じますが、如何でしょうね。
影響があるとすれば、以後における税務調査の時かと思えますが、
会計ソフトを利用しているならば、税務署側もパソコン内のデータをPDFに落とし込んで、それを基に内容を精査して行きますので、あとは現物がしっかり存在すれば調査上は特段の問題はありません。
もし、今後は別の会計事務所に依頼するならば、そちらに尋ねるのも一策ですね。
