質問者さんの質問が、どの部分に対して安全なのか、によって回答が変わります。(分かりやすく例えをつけておきます。)
①ビットコインのシステムの安全性
銀行のシステムそのもの
②取引所そのものの安全性
銀行が安全に管理してくれるか、破綻しないかどうか、その補償
③保有者や保有企業の安全性
銀行口座を利用してる人や企業そのものの資産を守れるかどうか
まぁ③は利用者そのもののリテラシーで、銀行口座でもオレオレ詐欺に引っかかる人は資産を失うわけで。
軽く言えば
①ビットコインの方が安全
②銀行の方が安全
③銀行の方が安全
です。