日本一短い鉄道で他の路線と直通していないのはどこですか？

「運営に関する法律が鉄道事業法の路線」をすべてひっくるめて考えると京都市の鞍馬山の鞍馬寺が運営するケーブルカー（山門駅～多宝塔駅間の0.2km）ですね。

ただ0.2kmだからと言って侮るなかれ。

（あのお寺の境内の登山道を歩くのは猛暑日や酷暑日にはお勧めできないレベルです）