編み込みのパキラは強い1本を除き、他は徐々に枯れていくのが一般的です。根が腐った幹についてはできれば編み込みを解いて外した方がいいです。腐った根があると広がります。根の量が減った分鉢のサイズも根の量に合わせて小さくした方がいいです。
樹形は好みなのでどこで切ってもいいです。
私ならもっと下の根本で切ります。
ただし剪定しても同じ場所で育てるならまた同じように徒長して育ちますよ。しっかり葉を出したいならば剪定直後に屋外の直射日光に当てて育てた方がいいです。選定後の日照の強さにより枝数、葉数が変わってきますので。