「一般的に、その時の法律で犯罪は裁かれると思います。」というのは犯罪の話でしょう。
賠償金の支払いのようですから、犯罪ではなく不法行為(民法709条 故意又は過失によって他人の権利又は法律上保護される利益を侵害した者は、これによって生じた損害を賠償する責任を負う。)の問題です。法定の排出基準濃度を超えていなければ不法行為は成立しないというものではありません。法定基準内であっても、故意又は過失によって他人の権利又は法律上保護される利益を侵害したら損害賠償責任を負います。
日照、電波障害、風害、光害などで損害賠償や建築差し止めが命じられることがありますが、殆どの事案は建築基準法等の法定基準を満たしていますが、受忍限度を超える害を加えているという理由で原告たる被害者の請求が認められています。