・正式納品・支払いがない場合、著作権は制作した私に帰属するという理解で合っていますか?
はい。
・Aが無断で動画を第三者(B社)に渡し、B社が使用した場合、それは無断利用になりますか?
はい。
・B社が善意(正当な権利を得たと思っている)だった場合でも、使用は認められるのでしょうか?
いいえ。
ただ、合法であると思いこんでも仕方ない状況だった場合、犯罪にはなりません。過失があれば賠償請求は出来ますが、過失がない場合、Bに対する損害賠償請求は認められません。Bに対する使用停止の要求は、Bの過失や故意の有無に関わらず可能です。連絡した上で、すみやかに使用を停止しなかった場合は、Bに対する賠償請求が可能です。
Aは故意があるから、Aに対する追求は刑事民事共に可能。
・私としては、どのような対応(様子見、連絡、差止請求など)が現実的でしょうか?
Bに渡す可能性がとても高そうなら連絡して、そうでもないなら様子見して、事後的にAへ請求するのが無難だと思います。