あなたの状況は少し複雑ですが、残業申請用紙を破棄したことは十分注意が必要です。会社の手続きを尊重することは重要で、また上司の指示を無視しては計画外の問題が発生する可能性があります。以下に、この状況を改善するために提案できるステップをいくつか挙げます：
1. 申し訳なく申し上げる: まず所属課長に対して、その申請用紙を破棄したことを申し訳なく申し上げることが大切です。誤解や懸念を解消するための第一歩となります。
2. 再申請: あなたの残業申請を再度提出してください。もし必要であれば、新しい申請用紙を作成し直す必要があるかもしれません。
3. 理由を明確に説明する: 残業の理由を具体的かつ明確に説明することで、上司はあなたの意図や状況を理解しやすくなります。
4. 約束を守る: 次回以降は、会社の残業申請プロセスを尊重し、指示に従って申請を行うように約束しましょう。
5. 防犯策: 今後は、重要書類や申請用紙は適切に保管し、必要に応じてコピーを作成しておくと良いでしょう。これにより、同様の事情が発生した場合でも対応がスムーズになります。
会社としてのプロフェッショナリズムを保つためにこれらのステップを踏むと良いでしょう。また、上司との良好なコミュニケーションが維持できるように努めてください。
