請求された4000円は出張料の名目では、と思います。
見積もりは無料というケースが多いですが、今回の水道トラブル処理は目視での確認が必要という判断で、その後に見積もりを出す流れになるはず。
となると夜間に出張ってきた時点でトラブルの解決とは関係なく出張料が発生しそうです。
その4000円も業者への修理を依頼する際の出張料の相場としては距離や時間帯も関係するでしょうが妥当な額です。
別の業者に見て貰ったらあっさり直ったのは、業者にも技術や経験の差があるからでしょうが、ご質問を読む限りでは4000円はぼったくりではなさそうに思いました。