結論から申し上げますと、FL5シビックタイプRを門型自動洗車機（ブラシ式）に入れることは、極めてリスクが高いため推奨されません。
メーカー（ホンダ）の取扱説明書においても、大型のエアロパーツ装着車は洗車機の使用を避けるよう記載があるのが一般的です。
ご懸念されている2点および、その他のリスクについて詳しく解説します。
1. リアスポイラーの接触リスク（非常に危険）
FL5のリアスポイラーは大型で、ステー（支柱）が特徴的な形状をしています。これが洗車機にとって最大の鬼門です。
センサー誤検知: 洗車機のセンサーがスポイラーの形状を正しく認識できず、トップブラシが下降してきてスポイラーを上から押し潰したり、巻き込んだりして破損させる恐れがあります。
「装備品あり」設定の限界: 洗車機には「リアスポイラーあり」の選択ボタンがありますが、これはあくまで「後ろを洗わない（避ける）」設定であることが多いです。しかし、FL5のウイングは車体後端より少し手前に位置し、高さもあるため、機械によっては回避動作が間に合わない、あるいは誤って接触する可能性があります。
破損時の損害: FL5のスポイラーはダイキャストステーを使用しており強固ですが、万が一洗車機と喧嘩した場合、トランクゲートごともげてしまうなど、修理費が甚大になる可能性があります。
2. ボンネットの空気取り入れ口（フードベント）への水の侵入
こちらはリアスポイラーほどの破損リスクではありませんが、注意が必要です。
水の侵入自体: 基本的にエンジンルーム内の電装品（コネクタ類）は防水カプラーになっており、雨天走行も前提に作られているため、水が入ること自体ですぐに壊れることはありません。ボンネット裏にはダクトから入った水を特定の位置（ラジエーターファン後方など）に流すためのガイドやトレーが設計されています。
洗車機の高圧水: ただし、洗車機のジェット水流は雨とは比較にならない水圧です。特定の角度から大量の水が押し込まれると、想定外の場所に水がかかったり、ボンネット裏のインシュレーター（防音・断熱材）が水を吸って垂れ下がったりするリスクはゼロではありません。
ブラシの引っかかり: 水よりも、回転ブラシがダクトの縁（エッジ）に引っかかり、パーツを傷つけたり破損させたりする物理的なリスクの方が懸念されます。
3. その他の重要なリスク（車幅とホイール）
FL5特有の問題として、車幅（1,890mm）とタイヤの問題があります。
車幅制限: 旧式の洗車機では対応幅がギリギリ、あるいはアウトの場合があります。
ホイールのガリ傷: 265幅のタイヤを履いており、ホイールもフェンダーとほぼツライチです。洗車機のレールにタイヤを乗せる際、わずかでもズレると大切な純正ホイールをレールでガリガリに削ってしまう可能性が高いです。
推奨される対応
FL5のような車両の場合、以下の方法を強くお勧めします。
手洗い洗車:
ご自身で洗うか、ガソリンスタンドや専門店の「手洗い洗車メニュー」を依頼するのが最も安全です。
ノンブラシ洗車機（高圧スプレーのみ）:
どうしても機械を使いたい場合は、ブラシがなく、高圧水のみで洗うタイプの洗車機（スプレー洗車機）であれば、スポイラー破損のリスクは低減できます（ただし、拭き上げは自分で行う必要があります）。
結論:
リアスポイラー破損のリスクと、ホイールを傷つけるリスクを考えると、FL5をブラシ式の自動洗車機に入れることは避けるべきです。
