アルトワークス（最終型）は純正でレカロシートがついていますが車検の時に必要書類があるのでしょうか？他にもそういう車があると思いますが、純正でついているとはいえメーカーの証明書が必要なのでしょうか？

車検の時には全く必要ないよ。
ただ、シートレールを変えたりしたら強度検討書等が必要。
どうしてもレカロシートだと座面が高くなってしまうから自分はテイクオフのシートレールを装着して3センチダウンさせて車検の際には強度検討書を提出してる。