すでに回答がついていますが。
季刊 Jーtrain 72号より転載
-「日本海」と「トワイライト」の運用は別ですよね-
-基本的に「日本海」はローズピンクで走らせるという前提だったのですが、検査の都合などで、ピンクの車が出せずに緑色を「日本海」にいれることはありました。「日本海」にトワイライト色を回すと距離がどんどん伸びてしまうんです。青森まで往復するとだいたい2000キロありますから、「これはあまり走らせないように」「これはがんがん走らせよう」といった調整で苦労しました。-
(JR西日本 敦賀運転センター 研修担当へのインタビュー記事より)
日本海縦貫線の長距離区間での運用ですから、海沿いを走行する、冬の積雪状況など、さまざまなトラブルが発生し、それによりイレギュラな運用変更は何度もあったでしょうが、原則としては、それぞれ別運用で設定されていたようです。
とりあえず参考までに。