通販で自転車買って、地元県で防犯登録してもらいたいのですが、数百円の防犯登録のためだけに店に行ったら嫌な顔されるでしょうか？

登録で支払うお金がお店の収入になるわけではなく、事務手続きの手間が発生するばかりなので嫌がる店があるのは確かです。

事前に電話で確認しておくのが安心でしょう。

都道府県によっては交番や警察署でやってくれることもあります。

私はホームセンターでやってもらったことがあります。