地理と政治の両方。
室町時代は全国的に政治が不安定で、武士は軍事力はあるけれど権威はない。
武力の覇権は勝ったり負けたりだから、武力に加えて天皇の権威を掌握したものが勝ち。
だから幕府は天皇のいる京都に置かなければならなかった。
室町中期までは大名の所領はモザイク状に全国に散らばっていましたが、戦国時代になると飛地の領地は守れなくなり、まとまった領地を一円支配するようになりました。こうなると本城は広い後背地が必要で、鎌倉のようなタコツボ的な土地は戦国大名の本拠には向かなくなりました。
豊臣時代から江戸時代は家臣団も殿様の城下町に住むようになり、狭い鎌倉は一層政庁都市には向かなくなりました。