miss が見失うという意味だとして（実際には他動詞のはずだから目的語がない時点で誤り）、現在完了だと「今もそのまま、見失っている」という意味になります。
すると、後の「戻ってきた」過去形とまったく合いません。
あと、この was missing は過去進行形でなく、過去 was ＋形容詞 missing「いない」
過去完了 had been missing が選択肢にあれば悩むところ
Our dog had been missing for two weeks when she came back.
なら過去完了ですが、but と切れているなら、ひとかたまりの過去とみて、was の方が適切（had been missing という選択肢があったとしても）
