長崎とクリスチャンというキーワードでのご質問なので、原爆関連で浦上天主堂と、国宝の大浦天主堂は、Webサイトやガイドブックにあるので、それ以外で回答します。
できればJR長崎駅近くの西坂公園にある日本二十六聖人記念館は、潜伏キリシタン時代の展示や、「西坂の丘」自体が潜伏キリシタン時代に処刑された場所でした。
そして幕末から明治維新にかけて長崎にキリスト教を広めた一人であるド・ロ神父関連で、長崎市内ですが、市街地から離れた外海にあるド・ロ神父記念館、そして出津教会も、素朴な長崎の教会堂で、是非訪れることをお薦めします。近くには遠藤周作文学館もあり、興味があれば是非！近くには黒崎教会や、ド・ロ神父手作りレンガの大野教会もあり、お車で廻るのでしたらお薦めです。大野教会は、まさに長崎ならではの、地元に密着した教会堂で、一般の観光向けではないです。
