メリカリで、勝手に配送方法が変わることはありますか？（多分ネコポスの設定にしたはずが宅急便60サイズになった）

あります。

ゆうゆうはサイズオ－バーの場合は、発送者に返送されてしまいます（メルカリ便発送はできなくなる）が、ヤマトさんの場合はサイズ変更して配送して貰えます、

ネコポスの場合は次のサイズはコンパクトですが、コンパクトは専用の箱に入れないとコンパクト発送にはできないので、その次の宅配サイズに変更されてしまいます。