Wワークしたいと思ってます。週40時間以内という決まりがあるみたいですが昼間と夜合わせて40時間以内でしょうか？

はい。昼の仕事と夜の仕事を合計して「週40時間以内」に収める必要があります。

Wワークでも「労働時間は合算して扱う」というのが労基法の考え方です。