ウインカーを出さずに追い越しをする車に対してクラクションを鳴らすのは違反ですか？

状況次第です。例えば、対向車が来てるのに追越しを初めてた場合は、対向車との事故になる可能性が高いのでクラクションで注意を呼び掛けるのは合法でしょう。

或いは、追越し中に真横から急に寄ってきて、こっちが急ブレーキ（普通のブレーキではなく）しないとぶつかるようなら鳴らしても合法です。



逆に、自身のブレーキやハンドル操作で事故を回避できるのであれば、クラクションは違反となります。



ちなみに、クラクションの合法・違法にウインカーの有無が関係することは殆ど無いと思います。