おそらくできますが、それをやると編成の組み替えが必要となります。
具体的には、
・5050系側のQシート車(5号車)を6000系へ、Qシート車(4号車)を5号車へ移動
・6000系の3号車をQシート車と入れ替え、余剰車は5050系の4号車へ
と、やや大掛かりな組み替えが発生します。
また、5050系と6000系とではVVVF装置のメーカーが異なり、これまで同一編成内でVVVF装置のメーカーが混ざった車両は8500系8642Fしか前例がなかったはずです。
概ね共通の設計をしている3000系・5000系列・6000系でも何としてもメーカーは合わせていますから、おそらくやらないでしょう。