お客様が五万円以上をPayPayで支払われ紙の領収書発行する際には印紙は必要になりますか？

領収書に決済方法を何と書くかによります。

Paypayにはチャージ払とクレジット払いがあり、クレジット払なら領収書にその旨を書けば印紙税の課税対象になりませんが、それ以外は課税になるので、決済方法として
・「クレジット払」と書くなら印紙は不要。
・「チャージ払」や「Paypay払」と書くなら印紙が必要。
・決済方法を特に書かないなら印紙が必要。
ということになると思います。

参考
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/inshi/19/50.htm