複合関係代名詞の場合なら名詞節かどうかで容易に判断できますが、複合関係副詞の場合はいずれも副詞節です。
whenever については比較的容易に区別できます。
譲歩でない場合、主節内の動詞 go などにかかり、関係詞節が基本的に後に来ます。
譲歩の場合、通例文頭に来て、主節に対して文修飾的な形になります。
Whenever の場合は譲歩なら文頭が原則、しうでない場合はいずれも可で、文頭に来たら形だけでは区別は不能です。
意味を考えて「〜する時はいつでも」か「いつ〜しようとも」なのか区別するしかありません。
コンマの有無は普通の従属接続詞と同じで、従属節が先にくれば主節との間をコンマで区切るのが基本。