都営三田線の西高島平駅は如何でしょうか?
始発駅なので1本送れば確実に座れます。
本郷三丁目駅は春日で都営大江戸線に乗り換える必要がありますが、会社が本郷三丁目の西側なら春日、水道橋から歩ける距離だと思います。
市ヶ谷へは神保町で都営新宿線乗り換えになります。
基本的に都心に向かう電車は始発駅でしか座れないと考えてください。
山手線との乗換等ターミナル駅で多くの乗客が降りる駅ではそのタイミングで座れることもありますし、山手線などは激混みですが、停車駅の多くは乗降客の入れ替えが激しいので、立ってる前の席の乗客が降りると意外にすんなり座れたりということもあります。