ケーキ屋で働いているものです。今日バイトだったのですが、マドレーヌの材料を確認したいと思い、タイムカードを切った後、外にマドレーヌの在庫が置いてあるので、帰るついでに商品の裏を見て材料を確認してました。そこに社員がきて、すごく嫌な目で見られました。、多分側から見たら盗んでるように見えたのかもしれません。ほんとに明日からバイト行きたくないです。普段から当たり強いのにどうなることやら。このままなにも気にせずバイト行ってもいいですよね。

まずは店内の雰囲気というか、仕事終わったあとの私服着替え終わって⋯のお店の外へ出るルートというか動線とかってどんな感じなんですか？
マドレーヌと言ったらいうまでもなくお菓子屋さんと推測しました。
そんななかのバックヤード？作業場とか？がどんな配置とかはわかりませんが⋯。

【外にマドレーヌが置いてある状態】とは、私服で誰でも通れる位置とかにあるんでしょうか？
質問文のなかだけでのそういった背景を想像したら本来そういった作業場とか、作業場近辺は、エプロンだとか白衣だとか？そういった作業着に着替えて作業をするイメージ。
そんななかの帰り間際の私服？の質問者さんがいたからそのスタッフさんは、怪訝な顔とかをしたんじゃないかな？と質問文内からしか読み取れない勝手ながらにそう想像しちゃいました。

あとは質問者さんの（一方的な）勘違いだってあり得ます。