ルリリの登場理由について、公式からリトルカップ対策という明言はされていませんが、ご指摘の通りマリルは第二世代のリトルカップでは高い種族値(特に攻撃と特防)と優秀な特性「ちからもち」により強力なポケモンでした。
第三世代でルリリ(ベイビィポケモン)が追加されたことで、マリルは進化後のポケモンとなり、リトルカップには出場できなくなりました。これは結果的にバランス調整として機能したと考えられます。
ただし、ルリリ追加の主な理由は以下の可能性も考えられます:
・ベイビィポケモンの追加によるキャラクター展開
・マリル系統の可愛らしさの強調
・タマゴ技の遺伝ルートの変更
リトルカップのバランス調整が主目的かは不明ですが、副次的な効果として機能したことは確かでしょう。
