私はアクアパーク品川をおすすめします。規模も大きいですし、見どころも多いと思います。簡単にどちらも特徴を書きます。
【アクアパーク品川】
館内はプロジェクションマッピングや音響などを利用した、キラキラ賑やかな雰囲気の水族館です。昼と夜で内容が異なるイルカショーが人気です。魚類の展示も充実していて、希少なエイの展示で有名です。 カフェはありますがレストランはありません。再入館できるので、外で食べた後も水族館を楽しめます。
【しながわ水族館】
昔ながらのレトロな雰囲気の水族館です。館内はかなり古いです。リニューアルが予定されていて、イルカショーの廃止が決定しています。今しか見れないという点ではおすすめです。ゴマフアザラシの展示に力を入れているイメージです。希少なシロワニ(サメ)も人気です。