ご事情は理解できました。順に整理して説明します。
まず社会保険料と所得税がどうなるかについてです。
社会保険料（健康保険・厚生年金）は「月単位」で判定され、月末時点でどの保険に加入しているかでその月の保険料が決まります。
今回、3月15日が退職日で、3月31日までに社会保険の資格がある状態ではないため、3月分の社会保険料は会社の社会保険ではなく、国民健康保険・国民年金の扱いになります。
したがって、3月分の会社の社会保険料が丸々引かれることはありません。
2月分までは、たとえ出勤が少なく有給が中心でも、月末在籍していれば通常どおり1か月分の社会保険料が引かれます。
給料が少なくても、社会保険料は原則として標準報酬月額に基づいて計算されるため、「給料が少ない月でも保険料は同じ」という状況が起こります。
ここが一番心配されている点だと思いますが、これは制度上避けられません。
所得税については少し性質が違い、実際に支払われた給与額に対して源泉徴収されます。
有給日数が少なく給与が低ければ、その分だけ所得税も少なくなります。
月単位で固定額が引かれるわけではありません。
年末調整または確定申告で最終的な税額は精算されます。
次に、有給休暇の賃金が何割になるかについてです。
有給休暇の賃金は原則として「通常の賃金」が支払われます。
一般的な計算方法は、直近3か月の賃金総額をその期間の所定労働日数で割った1日あたりの平均賃金、または通常の時給×1日の所定労働時間のいずれかが使われます。
多くの会社では後者、つまり普段の時給と同じ水準で支払われています。
法律上は6割でも最低基準は満たしますが、実務上は通常賃金100％で支払われているケースが大半です。
給与明細で「有休手当」「有休賃金」などの単価を確認すると正確です。
最後に、3月15日退職後に国民健康保険へ切り替えた場合の保険料についてです。
国民健康保険料は日割りではなく月割りです。
3月31日時点で国民健康保険に加入しているため、3月分の国民健康保険料は1か月分請求されます。
一方、会社の社会保険は3月分は発生しません。
つまり、3月については「会社の社会保険料＋国民健康保険料を両方払う」という二重負担にはなりません。
なお、国民年金も同様に、3月分は国民年金保険料を1か月分納めることになります。
まとめると、2月までは給料が少なくても社会保険料は通常どおり、所得税は給料に応じて減る、3月は会社の社会保険料はかからず国民健康保険・国民年金が1か月分かかる、という形になります。
不安であれば、会社の総務に標準報酬月額と3月分の保険料扱いを確認するか、市区町村窓口で国民健康保険料の概算を聞くと、金額感がはっきりして安心できると思います。
