疾風伝の終盤にあるメカナルトの回はぶっ飛んでて好き放題してるのであれはあれでありかなと思います
質問者様が見た一部(サスケ里抜けまで)と二部(疾風伝)の間に挟まれた1年間のアニオリは数話完結型のものが多く、また、ナルト+他班という漫画では絶対にない組み合わせでのスリーマンセルのローテーションでの任務の話だったのでキャラ同士の絡みが見たい人は好きだったと思います。
批判の声が多かったのは疾風伝のアニオリですね。
原作回ですら無印より明らかに引き伸ばしと繰り返しが多用されてなかなか話が進まないのに、〇〇編の中でアニオリを細かく挟んできたりして本筋の話とアニオリが行ったり来たりで全然話が進まず離脱する人も多かったと思います。
また〇〇編と〇〇編の間に挟み込まれる長編のアニオリ達がことごとくつまらなかったので総合的に見てアニメは微妙という人も多いですね。
サスケが里抜けしてどんどん悪に染まっていき、ナルトはナルトで暁に命を狙われ、話の方向性がナルトvsサスケのダークシリアスな雰囲気のまま連載が続いてた二部に対して、その暁もサスケも絡まないそのへんのオリジナル敵を出されても原作との温度差で物足りなかったのがおおきいです。