考えられる原因としては、以下の事項でしょうか。
・リフレッシュレートが不適切な値になっている
・グラフィックボードに動作不安定なポートがある
・ケーブル、端子の劣化・損傷
・モニタ本体に異常がある
対処方法としては挙げられるのは次のとおりです。
・片面の時にメインモニタのリフレッシュレートが60、90、120Hz等、適した値になっているか確認する
・片面の時だけ可変リフレッシュレートが有効になっていないか確認する(Gsyncみたいな名前のやつ)
・メインモニタの出力解像度を下げる
・ケーブルを変える
・ケーブルを1本だけHDMIに変える
・接続する映像出力ポートを変える
恐らくリフレッシュレートが一時的に噛み合わなくなっているか、なにかだと思いますので、そのあたりの設定変更かHDMIに変えると解消するかもしれません。