株式の売却益は総合課税にはできないので、分離課税一択しかありません。総合課税を選択できるのは配当金のみです。
間違えている方がいらっしゃるので、一応回答しておきます。
>「実質負担2,000円で行える控除上限額の目安は 618,000円です」と算出されたのですが、ざっくりこの金額は妥当でしょうか
株の売却益を確定申告した場合ということですよね。
それであれば、まあそんなものかと思います。
>上記金額を寄付した場合住民税の控除だけでは全然おさまらないと思うのですが、その場合はどうなるのでしょうか
株の売却益を申告すれば来年6月からの住民税はその分上がる(売却益の5%が課税)ので、そこからふるさと納税分が差し引かれます。なので、ふるさと納税による減額が住民税額を超えることはあり得ません。一般的には、住民税の所得割の20%がふるさと納税の限度額になります。