三井住友銀行・三菱UFJ銀行など、メガバンクをメインバンクに使っている人がJRE BANK(楽天銀行)の口座を給与受取・ビューカードの引落口座としてサブ扱いで開設するのはJREポイント・鉄道利用など総合的な観点で見てもそれぞれメリット・デメリットありますか？

関係ないですね。

現に自分がみずほをメインに使っていて、会社は複数口座への給与振込を認めていたので第二口座にJRE楽天を指定（して数万円だけ入れる）。

どうせ300万の定期を組んだら振込手数料は免除なので、3ヶ月に一度くらい余分な残高を振込でみずほに蹴り戻せばいいだけです。