炭素でできているということがわかるまでは鉛が含まれていると考えられていたからです。
なにぶんにも金属的な光沢があるので、金属だと思われていたようです。
黒鉛が炭素であることは1778年にカール・ヴィルヘルム・シェーレというスウェーデン領ポメラニアの化学者が証明したのですが、鉛筆はもっと前からありました。
ちなみに今日のように黒鉛の粉と粘土で鉛筆の芯を作る技術はニコラ＝ジャック・コンテというフランスの画家が1795年に発明したものです。ちなみにコンテは画材の「コンテ」を発明した人でもあり、初期のコンテは鉛筆の芯そのものでした。（当時の黒鉛はイギリスが主な産地で、ナポレオン戦争で英仏の仲が悪くなって黒鉛の大きな塊がフランスで手に入りにくくなったため、粉から作る方法を発明するに至ったのだそうです）
ちなみに鉛筆の芯やシャー芯のことを英語でlead（レッド）と言いますが、leadとは鉛のことです。
