90%にはなりませんし、何年たっても「これから30年で約70%」と出ること自体は不自然ではありません。 
この「30年で70%」は、2004年に言った分が“積み上がって”90%になる話ではなく、その時点から見た「今後30年」という移動窓の確率です。しかも首都直下地震は“特定の1つの断層が周期的に起こる”というより、南関東で起こり得るM7級をまとめた評価なので、モデル上「時間が少し進んでも確率があまり変わらない」扱いになりやすいです(地震の種類によっては、時間経過で確率が少しずつ上がる計算もあります)。 
ただし「いつ起こるか」は日付まで予測できません。理屈の上では“この先30年起きない”可能性も当然あります(30%)。一方で同じ条件が続くと仮定して単純化すると、100年まったく起きない確率は数%程度まで下がる計算になり、「何百年も起きない」もゼロではないがかなり起こりにくい、という位置づけです。